公积金贷款存晚了半小时没扣上，用户可以选择主动还款，这样系统会视为用户按时还款。或者用户等等系统再次发起扣款，由于第一次自动扣款失败，系统会在还款日当天发起第二次扣款，用户只要确保第二次扣款成功，那么也算按时还款。

用户可以在还款日之前就将还款资金存入卡里，这样到了还款日当天，就不会因为错过扣款时间而导致扣款失败。