证券公司佣金万三指的是在股票交易中，证券公司按照每笔交易的成交金额收取万分之三的佣金费用。具体来说，这意味着每笔交易的佣金为成交金额的0.03%，即每成交10,000元，需要支付3元的佣金。需要注意的是，如果计算出的佣金不足5元，则通常会按照5元来收取。

例如，如果您进行了一笔交易，成交金额为10万元，那么按照万三的佣金费率计算，您需要支付的佣金费用为100,000元 × 0.0003 = 30元。

需要注意的是，除了佣金之外，股票交易可能还会涉及印花税和过户费等其他费用